Durch die Gefangennahme von Aidas Vater nimmt die Geschichte eine tragische Wende zwischen Liebe und Politik Pflichten. Durch die Hilfe Merebs kommt Aida in die Zelle zu ihrem Vater. Hier fassen die drei auch den Plan, während der Hochzeit von Amneris’ und Radames aus dem Hof zu fliehen. Aida steht nach dieser Entscheidung zwischen ihrem Vater und zwischen ihrer Liebe zu Radames. Als Radames Vater seinen Sohn auf die Liebe zu Aida anspricht und ihm klar macht, dass dies ihn den Thron kosten kann, erklärt dieser seinem Vater, dass er nicht mehr den Ehrgeiz seines Vaters gutheißen könne, um auf den Thron zu kommen. Daraufhin erteilt Zoser den Befehl, Aida ausfindig zu machen und diese zu töten. Daraufhin erhält Aida einen Brief von Radames, indem er es sehr bedauert, einst ihren Vater in Gefangenschaft genommen zu haben. In diesem Augenblick tauchen auch Soldaten aus Ägypten auf. Nachdem die Nubierin Nehebka, ihr Leben für das der Prinzessin opfert, entschließt sich Aida Radames zu vergessen und ihn zu verlassen. Dies soll ihm sein Diener Mereb überbringen. Kurz darauf erfährt sie jedoch von Radames, dass dieser die Hochzeit absagen will. Auch wenn sie weiß, dass dies die Flucht ihres Vaters aus dem Kerker verhindern würde, überredet sie Radames dazu, Amneris doch zu heiraten und ihr für die Flucht mit ihrem Vater ein Boot zu geben. Was Aida und Radames jedoch nicht wissen, ist, dass es Amneris gelungen ist, das gesamte Gespräch zu belauschen. Diese muss nun einsehen, dass ihre Hochzeit eine einzige große Lüge ist. Die Hochzeitsfeierlichkeiten werden von den Fluchtnachrichten von Amonasros überschattet und Radames erfährt dadurch auch die wahre Identität von Aida. Derweil wird der am Hafen wartende Mereb von Radames Vater getötet, woraufhin Radames die Flucht des nubischen Königs ermöglicht. Ihr Vater kann entkommen, jedoch werden Aida und Radames gefangen genommen und wegen Hochverrats angeklagt. Sie werden vom Pharao zu einem lebendigen Begräbnis verurteilt. Als zukünftige Pharaonin gelingt es Amneris ihren Vater dazu zu überreden, Aida und Radames in einer gemeinsamen Grabkammer sterben zu lassen. Im Angesicht des Todes mit immer weniger Luft und Licht schwört Radames, Aida bis in alle Ewigkeit zu suchen und irgendwann zu finden.
Die hauptsächliche Botschaft des Musicals ist, dass die Liebe über alle Zeiten siegt. Sowohl in der ersten als auch in der letzten Szene sind zwei Menschen zu sehen, die sich in einem ägyptischen Museum begegnen. Jedoch wird dem Zuschauer erst am Ende klar, dass dies Aida und Radames sind, die sich im neuen Leben vor ihrer alten Grabkammer wieder finden.